Die Geschichte der Gemeinde Pfakofen ist die Geschichte der drei ehemals selbständigen Dörfer Pfakofen, Pfellkofen und Rogging.

Die drei Orte an den fruchtbaren Auen der Großen Laaber können auf eine lange Siedlungsgeschichte zurückblicken. Aus vorgeschichtlicher Zeit wurden im Gemeindegebiet Spuren der Jungsteinzeit (5.000 bis 2.000 v. Chr.), der Hügelgräberzeit und vor allem der Urnenfelderzeit entdeckt.

Nach dem Abzug der Römer (um 450 n. Chr.) siedelten die Bajuwaren in der Gegend an.

Rogging ist zusammen mit Pfellkofen in der ältesten Urkunde der drei Orte erstmals
831 erwähnt. Es ist dies eine Schenkungsurkunde mit Datum vom 18.08.831 mit der König Ludwig der Deutsche dem Abtbischof Balturich die Schnekung der Güter zu Hruchinga (Rogging) und Folinchova (Pfellkofen) an den Hofkaplan und Diakon Erchanfried bestätigt.

Die erste urkundliche Erwähnung Pfakofens stammt aus dem Jahr 1185. In einer
großen Urkunde des Papstes Luciuss III.bestätigt dieser der Alten Kappelle zu
Regensburg Besitz und Schutz einer Reihe von Gütern, darunter auch derer der
Kirche von Phaphinchoven (Pfakofen). 

Die Verbindung der Pfakofens zur Alten Kapelle in Regensburg bestand bis zur Säkularisation. Um das Jahr 1400 erschienen in Pfakofen erstmals auch weltliche Herren.

Es sind dies die Valkensteiner, die Paulsdorfer, die Gumpenberger und ab 1526 die Königsfelder, von denen noch zwei Grabsteine an der Pfarrkirche Zeugnis geben.
Im 30jährigen Krieg sind in Rogging in den Jahren 1646 bis 1647 die Schweden im Winterquartier. Damals brach die Pest aus. Sechs Jahre nach dem Kriegsende gab
es in Pfakofen in 11 Behausungen 22 Erwachsene und 16 Kinder. 

Von den Leiden des Krieges wurden Pfakofen, Rogging und Pfellkofen auch in napoleonischer Zeit nicht verschont. Zwar streiften die Truppen Napoleons das Gemeindegebiet nur bei der Schlacht von Eggmühl am 22.4.1809, doch mussten
die Dörfer unter Beschlagnahme von Menage und Furage zuerst durch die Österreicher
und dann durch die Franzosen arg leiden. 

Von den Gotteshäusern der Gemeinde wurde die Pfellkofener Kirche in der Frühzeit des
17. Jahrhunderts erbaut und später erweitert. Den sieben Schmerzen Mariens geweiht gehörte sie früher zur Pfarrei Pinkofen. Der Turm der Rogginger Kirche ist im Untergeschoß romanisch, dort ist auch eine Sakramentsnische mit Rautengitter. Das dem heiligen Johannes geweihte Gotteshaus gehörte bis 1853 zur Pfarrei Schierling. Die Pfarrkirche St. Georg in Pfakofen wurde in ihrer jetzigen Form im Jahr 1929 erbaut, hat aber mindestens zwei, vermutlich drei Vorgängerbauten an gleicher Stelle. An sie erinnern noch heute in den Kirchbau integrierte Reststücke, wie z. B. das gotische Taufbecken.

Die Schule in Pfakofen geht bis auf das Jahr 1686 zurück. 1888/89 wurde das noch heute bestehende Schulgebäude errichtet, das 1972 erweitert und durch eine Turnhalle ergänzt wurde. Seit 1974 hat die Gemeinde auch einen kirchlichen Kindergarten, St. Nikolaus geweiht.

Nach dem zweiten Weltkrieg wurden die bisher eigenständigen Dörfer Pfakofen, Pfellkofen und Rogging zum Gemeindeverband Pfakofen zusammengefasst, aus dem sich Rogging 1948 zwar wieder selbstständig machte, 1976 aber erneut eingemeindet wurde.

Seit 1978 hat sich Pfakofen im Zuge der Gebietsreform als eigenständige Gemeinde der Verwaltungsgemeinschaft Alteglofsheim ausgeschlossen.

Durch die Neubaugebiete „Am Kreuzberg“, „Am Kellerberg I“ , „Am Kellerberg II“ und "Heuweg"  ist die Gemeinde in den letzten Jahren beständig gewachsen.